L'eruzione del 79 danneggiò gravemente il territorio, ma la ripresa fu rapida e l'agro visse secoli di vita tranquilla fino al IV sec., quando fu coinvolto nella generale crisi dell'Impero.
E' in questo periodo che nella zona penetrò il Cristianesimo, forse favorito dalla presenza di una comunità ebraica. Primo vescovo e fondatore della Chiesa nocerina fu, secondo la tradizione, S. Prisco, uno dei discepoli di Cristo.
Alla fine dell'evo antico la città si spopolò e cadde in rovina, il territorio si coprì in molte zone di paludi e boschi e su di esso imperversavano barbari e pestilenze.
La guerra gotica, che si concluse nel 553 sulle rive del Sarno con la vittoria bizantina su Teia, vide Nuceria diroccata e priva di qualunque importanza strategica e militare, e vanamente i bizantini, nei cinquant'anni del loro dominio, cercarono di rivitalizzarla.
Con la venuta dei Longobardi, nel primi anni del VII secolo, la città scomparve: i pochi abitanti rimasti si raccolsero in minuscoli villaggi, intorno ai resti delle mura. Per di più, il territorio nocerino si ritrovò terra di confine tra Longobardi e Bizantini, teatro di una guerriglia endemica, aggravata nel IX secolo dalle incursioni dei saraceni, a lungo stabilmente insediati nell'agro. Solo nel X secolo, con l'attenuarsi dei conflitti, si ebbe un'espansione degli insediamenti e delle aree coltivate, grazie soprattutto all'impulso dato alla colonizzazione dai grandi monasteri salernitani e al sorgere di nuovi villaggi, specie lungo l'antica via Stabiana.
Tale espansione continuò nell'XI secolo, alla metà del quale giunsero numerosi milites normanni, che si ritagliarono piccoli feudi. Nella successiva divisione dello stato, Nocera toccò ai principi di Capua, mentre a Salerno restava il castello di Rocca.
Più tardi la valle del Sarno vide aspri scontri tra Ruggero II d'Altavilla, consacrato re di Sicilia nel 1130, ed i grandi signori dell'Italia meridionale che non ne riconobbero l'autorità: assediata una prima volta, Nocera fu poi distrutta nel 1138.
In età normanno-sveva il territorio nocerino fu diviso tra diversi piccoli signori, mentre il castello rimaneva saldamente nelle mani dei sovrani. Solo nel 1240 Federico II di Svevia lo concesse a Riccardo Filangieri, che già possedeva quello di Cortimpiano, nucleo della futura Pagani. In quest'epoca si formarono le Università e la città prese il nome di Nocera dei Cristiani, che appare per la prima volta in un diploma di Federico II.
Nel 1384, scoppiata la guerra per la successione a Giovanna I, il nuovo sovrano concesse Nocera a Francesco Prignano, nipote di Papa Urbano VI, che lo aveva innalzato al trono. Poco dopo, venuto in urto col re, il pontefice si ritirò da Napoli a Nocera e vi rimase oltre un anno, fino all'agosto del 1385, sfuggendo ad una congiura ordita contro di lui dai cardinali e all’assedio delle truppe regie, che si protrasse per alcuni mesi.
Nel '400 la città col suo feudo, che giungeva allora sino ad Angri, fu tenuta prima dai Latro e poi dagli Zurlo, col titolo di conti. L'ultimo degli Zurlo, Francesco, perse nel 1495 i feudi per aver appoggiato Carlo VIII di Francia, e Nocera venne assegnata prima a Giovanna d'Aragona, vedova del re Ferrante I, poi alla sua omonima figlia, vedova di re Ferrandino, che la tenne fino al 1518.